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バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト

@Bio_stations

バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。SpotifyやApple podcastなど各種プラットホームで好評配信中です！

 Molecular biology
profu.link/u/biostation
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ポッドキャスト新エピソードです！ 理研でPIをされている荻沼政之先生をゲストに、pHや解糖系の勾配による発生タイミングの制御、キリフィッシュを用いた休眠研究、遺伝研でのPhD生活からフランス/アメリカにわたるポスドク生活、これからの展望についてお聞きしました open.spotify.com/episode/60o…
#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)

#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)

バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast · Episode

open.spotify.com
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骨への刺激が寿命を伸ばす マウスの系で、骨への機械的な刺激により健康寿命と寿命が延長することを発見。骨由来の分泌因子が複数の臓器で細胞老化を抑制。さらに重要な因子の同定にも成功し、運動模倣薬への期待も cell.com/cell-metabolism/ful…
Dynamic force sensing by bone delays aging and extends lifespan

Dynamic force sensing by bone delays aging and extends lifespan

Bai et al. show that bone acts as a dynamic force sensor that systemically delays aging and extends lifespan. This work reveals a bone-derived mechanism linking mechanical sensing to organismal...

cell.com
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遺伝子発現を記録する人工オルガネラ 非破壊的に過去の遺伝子発現を記録するツールとして人工オルガネラ"Recordanelles"を設計。ミトコン膜アンカー、凝縮体アセンブラ、およびRNA結合ドメインの融合。単一細胞レベルで遺伝子発現の履歴を解析できる nature.com/articles/s41587-0…
Recordanelles for transcriptome-wide single-cell RNA recording in human cells

Recordanelles for transcriptome-wide single-cell RNA recording in human cells

Nature Biotechnology - Recordanelles continuously and unbiasedly record the transcriptome throughout time in living mammalian cells.

nature.com
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神経由来の細胞外小胞の単離に向けて 細胞外小胞を分離する新規の手法を確立。遺伝子発現データなどと組み合わせることで、神経の細胞種特異的な細胞外小胞マーカーを探索。生検せずに脳の状態を知る診断手法などへの応用に期待 nature.com/articles/s41593-0…
Identification of candidate markers for the isolation of neuron-specific extracellular vesicles

Identification of candidate markers for the isolation of neuron-specific extracellular vesicles

Nature Neuroscience - The authors developed methods to identify extracellular vesicles (EVs) in the blood that come from the brain by capturing EV surface proteins. This could be used in the future...

nature.com
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ミトコンドリアのストレス応答 細胞がストレスを受けた時、変性したタンパク質だけをピンポイントで凝集・隔離する仕組みを発見(凝集体をSIMPAと命名)。さらに、ERとミトコンのコンタクトを制御によってこの凝集体の除去が行われるとか nature.com/articles/s41586-0…
GRP75-dependent SIMPA mediates inter-organellar quality control

GRP75-dependent SIMPA mediates inter-organellar quality control

Nature - Proteotoxic stress drives formation of GRP75-dependent protein aggregates that signal through mitochondria–ER contact sites to activate targeted quality-control pathways, enabling...

nature.com
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予約投稿のamとpmを間違えてしまいました！ また、管理人が休暇のため論文紹介はしばらく不定期になるかもしれません！
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生体分子設計の新たなスタンダード"RF Diffusion4" 推論モデルを改良し、アミノ酸、糖類、DNA、RNAなど多様な化学成分を標的とするde novoタンパク質を設計できるツールを開発。リン酸化結合タンパク質や、Ca依存的結合、種/パラログ間の識別なども可能に rfd4-proteina.org/
RFD4-Proteina

RFD4-Proteina

Biomolecular design through latent reasoning with RFD4-Proteina.

rfd4-proteina.org
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低温が寿命を延ばすメカニズム 筋肉で作られる代謝物が、離れた組織のタンパク質凝集を抑え個体の寿命を延ばすことを報告。比較的安定で輸送可能な補酵素前駆体を、各組織が活性型の補酵素に変換して利用するらしい。主に線虫の系で、ヒト細胞でも病的タンパク質凝集を抑制 nature.com/articles/s41586-0…
Cold activates a BH2 metabolic network promoting longevity and proteostasis

Cold activates a BH2 metabolic network promoting longevity and proteostasis

Nature - A multi-tissue signalling system links cold temperature to enhanced longevity and proteostasis in Caenorhabditis elegans.

nature.com
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ミトコンドリアが核の若返りを助ける 酵母の配偶子形成において、老化関連因子を次世代へ持ち込ませない核の品質管理にミトコンドリアが重要であることを発見。Tom70がミトコンと核膜の接触を作り、核膜孔複合体を隔離するらしい nature.com/articles/s41467-0…

Tom70–mediated mitochondria–nuclear envelope contacts regulate nuclear pore complex inheritance...

Nature Communications - Mitochondrial-nuclear envelope membrane contacts are established during budding yeast meiosis. This contact is driven by a tether pair consisting of meiosis-specific Cnm1...

nature.com
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自然言語でタンパク質をデザイン 手動による構造制約や事前の最適化を必要とせず、どのようなタンパク質が欲しいか入力するだけでタンパク質がデザインできるらしい。蛍光タンパク質や酵素としての生化学的機能の検証にも成功 時代の進歩、、 nature.com/articles/s41586-0…
Programmable design of functional proteins from natural language

Programmable design of functional proteins from natural language

Nature - Pinal, a 16-billion-parameter artificial intelligence model, designs functional proteins from natural-language descriptions, demonstrating experimentally validated activities and improved...

nature.com
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転写を活性化するタンパク質のデザイン AIを用いた設計により、転写共役因子と相互作用する人工タンパク質をデザイン。転写活性を薬剤耐性へ変換する系で大規模解析。転写活性化のメカニズムに迫るとともに、CRISPRaなどへの応用も biorxiv.org/content/10.64898…
Design of synthetic activators for programmable gene expression

Design of synthetic activators for programmable gene expression

Transcription factors control gene expression by recruiting transcriptional coactivators through intrinsically disordered transcriptional activation domains (TADs), whose weak and promiscuous...

biorxiv.org
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タンパク質分解配列のスクリーニング タンパク質のC末端に位置するデグロンを網羅的にスクリーニングする手法を開発。栄養と炎症に応じた条件依存的な制御も明らかに。リボソーム成熟・生合成に関わる新規のメカニズムも解明 大規模解析から分子レベルの発見まで面白いです cell.com/molecular-cell/full…
Proteome-wide C-degron activity profiling connects conditional regulation of the CTLH E3 ligase...

Proteome-wide C-degron activity profiling connects conditional regulation of the CTLH E3 ligase...

Exploiting ORFeome libraries with different C-terminal architectures, Grant et al. perform comparative stability profiling to identify a conditionally regulated C-degron pathway governed by the...

cell.com
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リプログラミングによる若返り トランスクリプトーム老化予測モデルを構築し、さらに網羅的スクリーニングによってSRSF1というスプライシング因子が若返りに貢献する可能性を発見。マウス生体でも強制発現により寿命の延長などの効果が見られる nature.com/articles/s43587-0…
Transcriptomic reprogramming screen identifies SRSF1 as a regulator of aging

Transcriptomic reprogramming screen identifies SRSF1 as a regulator of aging

Nature Aging - Plesa, Jung and colleagues conduct an in vitro transcriptomic reprogramming screen and identify splicing factor SRSF1 as capable of reducing transcriptomic age without loss of cell...

nature.com
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プロテアーゼのde novoタンパク質設計 AIを用いてアミド結合を切断する高活性な亜鉛メタロプロテアーゼの設計に成功。活性中心に金属イオンや水分子などを精密に配置するのが重要。TDP-43やアミロイドβなどの標的タンパク質を特異的に切断することにも成功 すごいです nature.com/articles/s41586-0…
Computational design of metalloproteases

Computational design of metalloproteases

Nature - RFdiffusion methods are used to de novo design proteins with water-activating zinc-based active sites adjacent to a peptide substrate binding pocket, yielding highly active, programmable...

nature.com
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染色体外DNAによる独自の電気化学的環境 染色体外DNAハブががん細胞において、酸化ストレスから自身を保護する独自の電気化学的環境を形成することを発見。これによりがん遺伝子の発現が支えられている可能性。 cell.com/molecular-cell/full…
Inherent electrochemical activity of extrachromosomal DNA hub shapes spatial redox environment in...

Inherent electrochemical activity of extrachromosomal DNA hub shapes spatial redox environment in...

Qin et al. demonstrate that extrachromosomal DNA hubs function as inherent electrochemical reactors. By non-enzymatically generating a localized antioxidant shield, these hubs protect themselves from...

cell.com
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タンパク質の発現振動と細胞運命制御 小腸上皮においてHes1タンパク質の発現振動に勾配が存在すること、さらにこの振動周期を人工的に制御することで細胞運命が変化することを報告。発現レベルだけでなく、そのダイナミクスが細胞運命に貢献 面白いです！ science.org/doi/10.1126/scie…
Frequency encoding regulates cell type composition in the small intestine

Frequency encoding regulates cell type composition in the small intestine

Intestinal homeostasis requires tight regulation of stem cell maintenance and differentiation to absorptive and secretory cell types, two major intestinal lineages. Key signaling pathways have been...

science.org
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ノンコーディングRNAからの翻訳 核内で働くとされていたノンコーディングRNA(Malat1)が、細胞質で微小ペプチドを産生することを発見。RNA配列内の反復配列B1 SINEがリボソームエントリーサイト(IRES)として働くらしい 面白いです！ science.org/doi/10.1126/scia…
A B1 SINE element within the mouse Malat1 long noncoding RNA acts as an internal ribosome entry...

A B1 SINE element within the mouse Malat1 long noncoding RNA acts as an internal ribosome entry...

In most cells, Malat1 long noncoding RNA localizes to the nucleus where it affects splicing and chromatin function. In mouse neurons, Malat1 is exported to the cytoplasm where it is translated to...

science.org
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逆転写によるユニークな抗ウイルス応答 細菌の抗ファージ防御システムである「レトロン」の一種が、逆転写によって一本鎖DNAを産生、これが翻訳抑制を解除することで抗ウイルス応答として貢献することを発見。人工的な遺伝子回路などへの応用も期待 すごいメカニズム cell.com/molecular-cell/full…
Reverse transcribed ssDNA derepresses translation of a retron antiviral protein

Reverse transcribed ssDNA derepresses translation of a retron antiviral protein

Retrons help bacteria defend against phage by initiating a toxic response to restrict viral propagation. Here, Zhang et al. describe the non-canonical mechanism of Retron-Vpa2, which accumulates...

cell.com
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テロメア伸長酵素の祖先に迫る タンパク質自身のセリン残基をプライマーとして(!)RNAからDNAを逆転写する細菌抗ファージ因子を同定。テロメア伸長酵素と類似。RNAを使った反復DNA合成の仕組みが、細菌では抗ウイルス防御に、真核生物ではテロメアの維持に使われる可能性 nature.com/articles/s41586-0…

Antiviral immunity via telomerase-like reverse transcription in bacteria

Nature - Antiviral immunity via telomerase-like reverse transcription in bacteria

nature.com
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糖鎖まで“配列で設計”する de novoタンパク質でN型糖鎖の周囲を立体的に囲い、糖鎖加工酵素のアクセスを制御。局所構造だけで複合型 → オリゴマンノース型へ糖鎖の加工状態を誘導し、細菌接着阻害などの機能まで実装 biorxiv.org/content/10.64898…
Programming N-linked glycan composition through de novo protein design

Programming N-linked glycan composition through de novo protein design

N-linked glycans are ubiquitous post-translational modifications that mediate diverse biological processes, including cell signaling and adhesion, molecular recognition, and host-pathogen interacti...

biorxiv.org
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マウス発生の細胞系譜を追跡する PEtracerと呼ばれるDNAバーコード編集とシングルセルRNA-seqを組み合わせることで、受精後7.5日から10日までの細胞系譜を再構築。いろんな組織での発生起源や運命決定の動態が明らかに そんな事ができるとは、！ cell.com/cell/fulltext/S0092…
Comprehensive lineage tracing maps the landscape of cell fate decisions in mouse embryogenesis

Comprehensive lineage tracing maps the landscape of cell fate decisions in mouse embryogenesis

We use PEtracer to reconstruct high-resolution lineage histories for >1.4 million cells from E7.5 to E10.0 during mouse development, providing a quantitative view of fate bias, restriction timing,...

cell.com
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