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 San Junipero
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Yutaka Saito (@ytksai) profile picture
Yutaka Saito@ytksaiOct 28
論文がBriefings in Bioinformatics誌に掲載されました。 翻訳速度のパターンに着目した新しいmRNA配列設計法「VeloHARMO」を提案しました。 タンパク質の翻訳速度を深層学習で予測し、異種宿主でも元の生物に近い翻訳速度パターンを再現するようにmRNA配列を最適化します。 doi.org/10.1093/bib/bbag558
VeloHARMO: a deep learning framework for mRNA coding sequence generation and design via translation...

VeloHARMO: a deep learning framework for mRNA coding sequence generation and design via translation...

Abstract. Heterologous gene expression often results in suboptimal protein yield or activity, potentially influenced by differences in translation dynamics

academic.oup.com
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コンウェイのライフゲームの動画を作ってみた。結構面白い。
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Rfamにいいねされた、やったね！
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おお、良さそう
yugo.spice 🇨🇦 (@rabspice) profile pictureyugo.spice 🇨🇦
@rabspiceOct 24
GrokBotにKindle作らせるのマジ便利
Image from yugo.spice 🇨🇦 (@rabspice)
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RNA言語モデルを用いた保存RNA構造探索手法を提案し、ヒトに保存されるRNA構造を探索しました。 biorxiv.org/content/10.64898…
Alignment-free discovery of conserved RNA structures in the human genome

Alignment-free discovery of conserved RNA structures in the human genome

Many functional RNAs were first found as conserved RNA structures, and their roles in gene regulation were identified later. In humans and other vertebrates, imperfect genome alignments have hindered...

biorxiv.org
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ました。そこで、当初年単位で計算がかかると思われてたゲノムスキャンの計算が、数日で終わるくらいの速度にすることができました。
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統計モデルから塩基対に相当する行列を抽出し、Nussinovアルゴリズムによって構造スコアに変換するテクニックは、実はまた別の論文で初めにやってたことなのですが、それもまた近々biorxivに出します（revisionで大苦戦してた）
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【特任助教募集｜筑波大学】 筑波大学医学医療系では、遺伝統計学の研究に一緒に取り組んでくれる特任助教を公募しています。ヒトゲノム・オミクス解析を通じて生物学・医学の問いに挑戦したい方のご応募をお待ちしています。周囲の方へのご紹介もいただけますと幸いです。 jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJo…
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#ptcg振り返り会 勉強になった。実験設計が下手くそだったなと反省。ポケカAI開発、趣味として続けたい。
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ASMLのEUV露光装置LEGO、欲しすぎる...🥺
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遊びながら半導体のことが分かる、ASMLのワードサーチに挑戦🔍 クリアで【最先端EUV露光装置のLEGOセット】が当たるキャンペーンに応募できます👇 asml-japan-25th.jp/
ASML 25周年記念サイト

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ASMLジャパン設立25周年を記念した特設サイトです。

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Let's celebrate 2026 by writing a post for an advent calendar #Kyotobioinfo ! 京都とバイオインフォが好きな人のためのアドベントカレンダーです。1年ぶりに立てました！自分の論文や手法の宣伝でも自分なりのTipsでも、どんな記事でもご参加お待ちしております！adventar.org/calendars/12656
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論文が迷子になっていて泣ける
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共著もいいけど、主著を出そうな！
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自分に言い聞かせています。
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手伝っていた知り合いの眼科論文ばかりが出版されていく。
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うーむ、処理能力の低さが本格的に問題になってきたな、、、
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有機化学、もう少し勉強すればよかった.....。何もわからないのでchatGPTに聞いてる。わかりやすい。ありがとう。
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ボルハルトショアとかいう本を購入した。分厚い。。。
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